「優れた医学研究者の育成」及び「熱意ある医学教育者の育成」を目標にし、独創的研究能力と豊かな学識，人間性を兼備した教育者と研究者を養成を目的としています。

病理系の研究分野は形態病理学より始まり，微生物学，免疫学，腫瘍学，病態代謝学，臨床応用に直接関連した人工臓器・移植医学まで病理系に特化した専門性を有する研究内容を有しています。従って，病理系研究課程を通して養成される人材は，将来その分野の指導的役割を発揮することが求められると共に，当該分野における専門性を広く基礎並びに臨床医学の発展に還元できる能力と使命感とを有する人材を養成します。

内科系医学はあらゆる疾患の病態解明，診断法・予防法・内科的治療法の確立を図ることが中心となります。日々医療を取り巻く状況が変化する中で，ますます高度化・複雑化する内科学の各分野の基礎研究を通して，医科学の進歩に対応し，科学的に明確な根拠に基づいた質の高い優れた各分野の医療を実践できる専門医と，高度な水準の医学研究に基づきより深い科学的洞察力及び研究マインドと指導力とを兼ね備えた研究指導者を養成します。

外科系医学は疾病に対して観血的手技を用いて人体の恒常性の回復を図ることが中心となります。したがって、外科系医学においては疾患の病態のみならず観血的侵襲そのものによる病態生理の探究が求められます。さらに、損なわれた臓器または組織の機能の回復・代替補填を図るための生理学、薬理学的対応及び人工臓器・組織にわたる広範な知識が必要です。大学院課程では斯かる外科系医学に求められる臨床、基礎的研究を行う人材を養成します。

社会・環境と健康・疾病との関係を理解し，社会的に役立つ研究を行なうために，疫学的手法（公衆衛生）・実験的手法（環境医学）などを研究に応用する能力を身につけさせます。 また，医療制度の現況を把握し，医療経営の基本となる医療の質と効率を定量的に評価し，医療事故の現状と予防対策を構築できる人材を育てます。その他に裁判と関連する親子鑑定・個人識別・法医解剖の必要性を認識し，実践できる人材を養成します。

生理系の各専攻は生命現象の本質を研究することを目的として設置されています。研究を進めるために採られる方法は様々であるが、できるだけ多くの研究方法を理解して有機的に応用することによって、より成果の上がるよう努めています。また得られる成果が医療面でも利用され、人類の福祉と幸福に寄与できるよう考慮されています。なお、本系の修了者には将来研究指向の医師ばかりでなく、研究指導者や大学等の教員となりうる人材を養成します。

優れた医学研究者として活躍する意思を持ち、熱意ある医学教育者を目指し、独創的研究能力と豊かな学識、人間性を兼備した教育者・研究者を志す人を求めます。

４年間の課程をとおして、主科目（１６単位）、副科目（１０単位）、選択科目（４単位）の合計３０単位を履修します。
主科目では４年間をとおして指導教員の下で研究を進め、修了までに独創的な研究成果を論文としてまとめるための指導を受けています。
副科目では、６か月を一つの単位として、研究遂行に必要な独自の研究手段修得のために主科目以外の科目を選択して学習します。
選択科目では、講義・実習を中心に医学研究に共通した実験技術と理論の基礎的な考え方を修得します。

所定の年限在学し、専攻科目について３０単位以上を修得、必要な研究指導を受け、博士論文の審査及び最終試験に合格した学生に博士の学位を授与します。ただし、優れた業績をあげた学生については、大学院に３年以上在学すれば足りるものとします（社会人入試は除く）。