本学は学費負担の軽減のため、様々な貸与制・給付制の奨学金を実施しています。
　貸与制の奨学金は、日本学生支援機構が実施する奨学金制度に加え、本学独自の奨学金制度として東京理科大学奨学金を取り扱っています。この制度では無利子での奨学金を一括貸与しています(修士課程は年額48万円)。
　給付制の奨学金として、家計が急変し経済的に修学が困難となった学生を支援する東京理科大学家計急変奨学金や博士後期課程（薬学研究科薬学専攻博士課程含む）の学生の学費を実質無償化する東京理科大学博士後期課程奨学金を実施しています。
　この他にも、東日本大震災などの自然災害被災学生に対する経済的支援や地方公共団体・民間団体が実施する奨学金制度、国の教育ローン、本学と提携している会社との特別レートによる教育ローンも取り扱っております。
　なお、本研究科では、現職教員の修士課程履修を支援するために、修士課程の二年次に学校現場に戻る、「週１回通学者」や「インターネット教育者」といった学修上の特例を設けています。それに対応して、これらの特例を認められた院生には、学費を減免する措置が認められています。

　本学では、学生生活の充実と人間的成長を助けることを目的として各地区に学生相談室を設置しています。
　学生相談室では、相談員の他、必要に応じてカウンセラー、精神科医等学生相談に対して専門的知識をもつ者で、学生の個人的問題に関する相談に対応しています。
　また、本研究科では、各院生に対して、指導教員、副指導教員２名（１名がアドバイザー教員となる）が配置され、日常的な相談に対応するしくみをとっています。心身の不調等の問題が発生した場合には、研究科幹事、研究科長も加わって、相談や対策にあたることになっています。また、必要に応じて、大学の学生相談室とも連携をとりながら、支援をしていくことになっています。

　本学では、中途退学の防止の一助として、「ICカード学生証による授業出席管理システム」を活用しています。
　「ICカード学生証による授業出席管理システム」は、学生が授業時に各教室に設置されているカードリーダーにICカード学生証をタッチすることで、授業への出席情報を登録できるシステムであり、平成23年4月より導入しています。これにより、欠席しがちな学生を早期に発見し、個別の修学指導（面談等）や生活面での相談等を実施しています。
　また、本研究科では、各院生に対して、指導教員、副指導教員２名（１名がアドバイザー教員となる）が配置され、日常的な相談に対応するしくみをとっています．学修上の問題、心身の不調等の問題が発生した場合には、研究科幹事、研究科長も加わって、相談や対策にあたることになっています。

　本学では、課外活動において優秀な成績・功績のあった団体及び個人に対して表彰を行っています。
　表彰の選考はスポーツ、文化、芸術、芸能、社会活動等を対象とし、年度ごとに候補者の推薦を募り、審議を経て決定します。
　なお、本研究科においては、本学により実施されている正課外の教育プログラムである「大学院共通教育プログラム」に参加しており、学生が自主的に国際社会で活躍できる英語力や広い視野、環境・安全・倫理に対する高い意識を身に着ける目的として受講しています。また、上記プログラムにより条件を満たすと本学より、CAA、CAA-A、CAA-Sの証書を授与しています。

　大学教育における人間形成は正課教育を通じて行われることは言うまでもありませんが、学生の自主的な活動である課外活動においても社会的自立の意識が培われ、社会の変化に柔軟に対応できる個性豊かな人間性が育まれます。
　本学では課外活動における学生の自主性を尊重しつつ、必要に応じて助成し、指導していくことが大切だと考えています。
　なお、本研究科学生には、学部生時より継続してクラブ活動へ参加している学生も多くみられます。