博士後期課程には、研究テーマとして経済理論、経済史、応用経済、経営、経営情報、会計、ファイナンスの7つの分野が設定されている。また、各分野に、専門科目についての高度な演習の性格を持つ「特殊研究」科目と学位論文作成に向けた「論文指導」科目が設けられている。大学やシンクタンクなどの研究機関で研究活動に従事する研究者養成を目的としたカリキュラムが組まれており、指導教授・副指導教授の指導と助言に基づいて研究テーマを定め、博士論文の完成を目指す。

本課程では、社会経済の安定と発展に貢献しうる有為な人材たる研究者として、専門の研究分野において国内外問わず自立した研究活動ができる能力を身につける。原則として、本課程に３年（６学期）以上在学して研究指導を受け、所定の単位を修得した上で、学位申請論文を提出して、その審査および最終試験に合格した者に博士（経済学）を授与している。