三育学院は、1898(明治31)年にセブンスデー・アドベンチスト教団(プロテスタント系キリスト教 以下SDAとする)の宣教師ウイリアム・C・グレンジャーが創立した「芝和英聖書学校」をその前身とする。以来、三育学院は一貫して聖書の福音を教育理念の根底に据え、「人間にとって最も大切なものは何か」を探求し、これを教育の主眼としてきた。聖書はそれを次のように表現している。
「いつまでも存続するものは、信仰と希望と愛と、この三つである。このうちで最も大いなるものは、愛である。」(口語訳聖書 コリント人への第一の手紙 13章13節)
本学に学ぶ者が、聖書の示す愛を土台とし、神と隣人に対して十全な奉仕をするため、人間の備える霊性(spiritus)、知性(mens)、身体(corpus)の全ての面を最大限に発達させ、円満な人間形成を実現すること(To Make People Whole)、これが「三育教育」の基本理念である。