生命科学・医学における高度な知識を修得し、医学の領域における問題点を自ら見いだし、そして解決できる能力を有する者に学位を授与する。
学位授与に際しては以下の条件を満たす必要がある。
大学院医学研究科が定める所定の期間在学し、開講されている授業科目を履修し修了要件以上の単位数を修得し、研究科が行う「最終試験（修士論文審査）」を受け、医学研究科委員会で合格と認定された者。また、最終試験では下記の項目を審査する。

１．研究の背景・目的の意義を論理的に説明できる。
２．内外の専攻分野の普遍的および最新の知識が十分である。
３．研究方法の科学的な正当性をよく理解し、説明できる。
４．研究結果を論理的に解釈し、考察、結論できる。
５．研究倫理に則り主体的に取り組むことができる。
６．研究内容を発表・質疑応答する能力がある。

未来への志を有する生命科学の研究者、ならびに医学・医療に関する高度の専門技能を有する専門職の育成のために以下の方針に基づいてカリキュラムを編成する。

１．生命科学を研究する上で必要とされる研究倫理ならびに医科学領域の基礎的知識全般を、少人数制の講義・演習・実習により修得する。
２．入学時に選択した専攻分野の研究室配属により、実際の研究活動を通じて、専門性の高い先端知識と研究技能を修得する。
３．「東京医科大学医学会総会」（年2回開催）を含む学内外の学会・研究会での研究発表を通じてプレゼンテーション、質疑応答能力を修得し、かつ、指導教員による直接指導により論文作成能力を養う。