博士課程では、最先端の医学研究を推進し、地域に根ざしたより高度な医療を展開するために大学院に集う若い力をいかに結集させ、ひとりひとりの力を伸ばすことを目指しています。平成25年度より研究マインドを醸成するための取り組みとして医学部卒業と同時に社会人大学院生として初期臨床研修医を受け入れる「研究マインド育成自由選択プログラム」を開始しました。更に平成28年度からは研究医枠での医学部学生に向けた新たな教育プログラムも始動しました。また、学位審査申請については公正、透明でかつ厳格な審査体制を構築しています。平成27年度までに1313名に博士（医学）の学位を授与し国内外で活躍できる医療人を輩出しています。