機械システム工学専攻（博士後期課程）は、修士課程の機械工学専攻および宇宙航空システム工学専攻を基礎として開設されており、I号館・J号館で各研究分野の施設を使用しています。
I号館は、6階建ての建物で、講義室・実験室・研究室・CAD室・製図室があり、1階には旋盤、フライス盤など大型加工設備を備えた「ものづくり創造センター」（機械加工スペース）があります。「ものづくり創造センター」は、となりのG号館1階の組み立て加工スペースと通路でつながっており、パネルソーやカッティングマシーンなどを備えております。
J号館は、11階建ての建物で、11階に講演会等にも利用できる大講義室・2階にはワンフロアー全体に建築製図室・そのほか講義室・実験室・研究室・CAD室があります。本学のシンボルタワーとなっており、上階では熊本市内を展望できます。

平成24(2012)年8月に完成した8階建ての建物で、研究室・実験室・分析室・測定室・講義室があります。1階には機能物質解析センターがあり、各種分析装置を整備した10の分析室があります。環境省「地球温暖化対策加速化支援無利子融資利子補給事業制度」を活用して建設した環境配慮型校舎です。

11階建ての建物で、11階に講演会等にも利用できる大講義室・2階にはワンフロアー全体に建築製図室・そのほか講義室・実験室・研究室・CAD室があります。本学のシンボルタワーとなっており、上階では熊本市内を展望できます。

9階建ての建物で、講義室（情報講義室）・実験室・研究室・演習室があり、1階には『SCB（Sojo Community Broadcast＆ Social Community Brand）放送局』があります。また、9階にはコンピュータ演習室があります。
 

5階建ての建物で、講義室・実験室・研究室・RI室などがあります。H号館3階とE号館（応用生命科学科棟）1階が連絡通路でつながっています。

E号館は、5階建ての建物で、講義室・実験室・研究室・クリーンルームなどがあります。E号館1階とH号館（応用微生物工学科棟）3階が連絡通路でつながっています。
G号館は、5階建ての建物で、講義室・研究室などがあります。