本学は「体・徳・智」の理念の下、「健康で徳・智を備え科学的思考のできる秀れた人材の育成」を根本的な建学の精神とし、さらに詳細に6項目にまとめています。以下に6項目の内、代表的なものをあげます。
 
1．近代文明を築くものは、科学技術と感性の世界であることは言をまたない。大志を抱き、本学に集い学ぶ者、真理を探究し、一専門家を目指すに甘んずることなく、文化の担当者たる栄光を担うとともにその責務を忘れてはならない。
1．科学の発展と芸術の創造は、古来より脈動する人間精神に基づく。本学の教育にあっては、科学と芸術の背後にある精神文化の存在を忘れず、広い世界観の樹立に努めなければならない。
1．現代、科学技術は、長足の進歩をとげる反面、細分化され、人間疎外等の憂いを起すおそれなきにしもあらず。ここにおいて、われら先端的な学術修練を志す者、美の世界を追求する者は、人間関係を重視し、生命を尊重する道義を体しなければならない。これらと倫理の融合こそ建学の基本である。
（他、3項目）

崇城大学は、本学を卒業した全ての学生諸君が、自分の職業を通して人生の深さや楽しみを味わい、同時に自分の生活の安定を獲得していただきたいと願っています。そしてそのために、社会人基礎力の養成を目指していますが、基礎力の重要な一つが対話する力だと考えています。母国語による思索（自問自答）と自らの考えの表明、英語による聞く力と発表する力。そして、人と人とのコミュニケーション力。これらの向上を目指して、工学部・情報学部・生物生命学部では、SEIP教育改革を実施し、その一環として1年次では、基礎数学、自立支援講座「日本語」、徳育のための体育実技、情報教育、起業家講座などを受講し、さらには教養講座や「人生と職業」を経て、4年間に渡るキャリア教育へと向かいます。これらの実施を支える制度として、教員が少数の特定の学生と対話するチューター制度があります。加えて、これらに平行して行なわれる、15人のネイティブによるSILC英語教育があります。また、薬学部、芸術学部においてはそれぞれの学部の使命（国家試験の高い合格率、優れた作家の輩出）に向けてきめの細かい学生サポートを行なっています。

卒業後学生諸君がいかなる進路に進もうとも、常に自分の仕事を改善・改良しながら生きていくということが、身に付けるべき最も大切な能力であると考えています。そこで本学では、この修得を中長期目標「いのちとくらしに役立つ教育と研究の推進」の要としています。これらの能力の修得は、大学1年次の「ベンチャー起業論」から始まり、各学科のカリキュラムや各種の学生の活動を経て、高度な卒業研究へとつながっています。学生の活動としては、熊本市の祭りとして定着した建築学科の「みずあかり」、キャンパス内に開設している情報学科の「放送局」、機械工学科の「学生フォーミュラ」や「ロボット研究会」、津奈木町美術館との「コラボレーション」など多彩です。また、教育面においては、教員一人当たりの学生数が少なく、生物・化学系の学部を中心として、世界水準の研究能力を持つ教授陣による教育が行われています。指導している教員に対する国からの研究補助金（科研費）の獲得額も、九州の理工系私立大学において近年常に第一位を占めています。

崇城大学は国内屈指のDDS（Drug Delivery System）研究所やエネルギーエレクトロニクス研究所、衝撃先端技術研究センターなどを設置し、最先端の設備・機器を活用した高度な実践教育を行っています。また、工学部では熊本空港に隣接した空港キャンパスに整備士や操縦士の養成を行う航空従事者養成施設を整備しており、学生は在学中に整備士や操縦士の資格を取得し、エアラインへの就職を目標に学んでいます。入学時に既に将来の目標・職業を決めている学生もいますが、多くの学生は大学での学習を通してその目標を決めていきます。そのため、本学では人間力と就職力を身に付けさせるキャリア教育に力をおき、1年次から4年次までの一貫した教育プログラムを実施しています。早い時期から将来の職業についての考えを深め、そのためには大学で何を学ぶのか、何を身につける必要があるかを理解し、専門分野の研究者や技術者として活躍できるよう、講義・演習・実験・実習を行っています。また、ITスキルや英語力、コミュニケーション力といった社会で活躍するために必要な「力」も育成しています。その結果として、毎年高い就職率を達成しています。