薬学専攻博士課程（薬学）では、本学の定める修業年限以上在学し、所定の履修方法に従って28単位以上を修得し、「MUKOGAWA COMPASS」に基づく資質・能力を身につけたうえで、論文審査および試験に合格した者に対して、課程修了を認定し博士（薬学）の学位を授与します。
　薬科学専攻博士後期課程（薬科学）では、本学の定める修業年限以上在学し、所定の履修方法に従って16単位以上（修士課程における修得単位数を含まず）を修得し、「MUKOGAWA COMPASS」に基づく資質・能力を身につけたうえで、論文審査および試験に合格した者に対して、課程修了を認定し博士（薬科学）の学位を授与します。

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　薬学専攻博士課程(薬学)では、「講義」、「演習」および「論文作成研究」により教育課程を編成しており、主に臨床を想定した課題を含む薬学的課題を対象とする薬学研究を通して、高度な専門性や優れた研究能力を養い、将来、先端医療、個別化医療、チーム医療等において、高い研究能力を発揮する薬剤師（ファーマシスト・サイエンティスト）として、医療に関連する分野で指導的役割を果たす自立した教育研究者を育成することを目指します。
　薬科学専攻博士後期課程（薬科学）では、医薬品の開発および化粧品や健康食品の創製等への応用において、高度の専門性を有する職業人、または研究者としての実力を身につけます。また、研究指導は、論文作成研究および先端的内容の薬科学演習により、専門領域の枠を超えた柔軟な研究能力を育成するため複数分野の指導教授からなる研究教育指導体制を採り入れており、研究の実践においては複数の専門分野の研究室ローテーション、あるいは外部研究機関との連携を推進しつつ、博士論文の作成を指導します。

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