食品薬品総合科学研究科は、栄養学、薬学などの領域で所定の課程を修めた者に対して、さらに高度な栄養、食品、薬品、医療の分野に関する総合的研究を行うために必要な創造的能力の育成を図るとともに、グローバルな学術水準の向上に貢献し、併せて国民の健康の保持増進に貢献し得る高度専門職業人の養成を目的とする。

栄養、食品、薬品、医療の分野での高度な専門家として、大学などの教育機関、保健機関、食品・薬品等の製造業の研究機関、その他マスメディアなどでの啓発活動等において活躍できる人材を養成する。この教育目標に沿う以下の人の入学を希望する。

1. 次の2〜6のいずれかに該当し、且つ修士の学位を有する者。または、これと同等以上の学力を有すると認められる者。
2. 管理栄養士の資格を活かして、臨床、食育、行政の現場などにおいて生活習慣病の改善（一次予防）や健康寿命の延長を図るなど人々の健康増進に貢献しようとする人。
3. 薬剤師・臨床検査技師などの資格を活かして、高度医療活動を通じた健康増進に国内外で貢献しようとする人。
4. 最先端の生命科学の技術や方法論を駆使して、独創的な基礎研究や有益な新規栄養機能食品の開発などの応用研究を目指したい人。
5. 大学などの教育機関で、栄養、食品、薬品、医療の分野で教育研究職を希望する人。
6. 栄養、食品、薬品、医療の分野に関する諸現象を理論的に解釈し、人々の健康や福祉に貢献したい人。

食品薬品総合科学研究科では教育者・研究者もしくは実践の場で高度な専門職業人を養成するための知識・技能を修得できるようカリキュラムを編成している。栄養、食品、薬品、医療の分野に関して、基礎科学から応用科学、臨床栄養学に至る5専門分野から6単位以上選択して高度専門知識を修得し、研究実施能力等を向上するために演習4単位（必修科目）を履修する。指導教員と副指導教員による複数指導体制のもとで、選択科目の選定をし、研究報告を作成する。

栄養、食品、薬品、医療の分野に関して、最先端の高度な知識を修得し、研究対象や研究方法を自ら見出し、展開する研究遂行能力を獲得していることが、学位授与の要件である。栄養学と薬学の境界領域での斬新な発想、論理的な思考によって社会の発展と科学の進歩に貢献でき、さらに国際的に活動できる能力を身につけたオピニオンリーダーになることが必須である。